Untuk menunjang kenyamanan dan efektivitas proses pembelajaran, MTs Al Mukhlis menyediakan sarana dan prasarana pendukung, antara lain:
- Ruang kelas pembelajaran yang representatif dan kondusif
- Masjid / Musholla madrasah sebagai pusat pembiasaan ibadah berjamaah
- Perpustakaan madrasah dengan ragam referensi buku agama dan umum
- Sarana olahraga dan lapangan upacara
- Fasilitas sanitasi dan toilet yang bersih serta terpisah
- Ruang guru, bimbingan konseling, dan tata usaha
- Kantin sehat lingkungan madrasah